Sin embargo, luego de la guerra de independencia de Chile, en la que los Mapuches apoyaron abiertamente a la corona Española, la cuestión se volvió inestable nuevamente. A pesar de que en principio se intentó mantener la paz anterior, para 1855, ya Chile comenzaba a tomar medidas expansionistas en cuanto a las tierras Mapuches. En efecto, en 1860, el ejército Chileno invade las tierras de la nación Mapuche y trás una guerra interrumpida de 20 años, los Mapuches se ven obligados a pactar la anexación de su territorio a la nación de Chile. En ese momento, todas las tierras Mapuches conquistadas durante la guerra fueron rematadas. La mayoría de estos terrenos fueron adquiridos por colonos Europeos.
Desde ese entonces hasta 1969 los Mapuches lucharon por reorganizarse. Para ese año comenzaron las llamadas "tomas". La dictadura fue especialmente cruda y sangrienta para los Mapuches que intentaban manifestarse. Sin embargo, en virtud de una apelación a la ley, el régimen militarizado se vió obligado a ceder 100.000 hectáreas de tierras pertenecientes al fisco, a diversos indígenas. En 1990 se funda la Aukiñ Wallmapu Ngulam (Consejo de Todas las Tierras), último bastión de la lucha Mapuche que entre sus principales fines tiene la "retoma de las tierras ancestrales" y la liberación de autodeterminación para el pueblo Mapuche (autonomía para decidir sus propias formas de gobierno).
Hoy en día nos paramos en una situación compleja. Los Mapuches extremistas no pretenden dejar los medios de violencia para la consecución de sus objetivos. Por otra parte, muchos Chilenos consideran que su lucha aún es válida. Sin embargo, y ante todo, hay que tener en cuenta que Chile estuvo en guerra con el pueblo Mapuche y venció. Además, miles de personas de origen Mapuche se han adaptado a la cultura nueva y son miembros activos de nuestra sociedad, aportando con sus ideas y conocimiento, que es muchas veces fruto de su legado cultural. Por su parte, otras pocas comunidades viven como lo solían hacer hace cientos de años y tampoco se enfrentan a mayores problemas, viven de la tierra y siguen sus tradiciones.
El país ha cometido terribles atrocidades contra el pueblo Mapuche. Es lamentable. Sin embargo, hay que darse cuenta de que no por eso se debe desmerecer todo lo que se ha hecho para revindicar estas cuestiones. En efecto, el hecho de que los Mapuches hayan recibido porciones de tierra y dinero es mas que suficiente dado que perdieron sus tierras cuando perdieron la guerra, años atras. Incluso, los Mapuches pueden vivir aún hoy como lo hacían ancestralmente, lo que no pueden es esperar ser una carga legítima para el sistema. Es patético cuando la gente se compadece arbitrariamente de la forma en que viven los Mapuches. Si ellos optan por esa manera de vivir es porque culturalmente les acomoda. La verdadera miseria está en las ciudades, en las poblaciones, donde la pobreza no permite escoger vivir ni de la tierra ni de nada.