Tras varios años ejerciendo como Arqueólogo Profesional, en 1993 ingreso en la Universidad de Jaén como Profesor Ayudante en el Departamento de Territorio y Patrimonio Histórico, consiguiendo en 1998 mediante concurso-oposición el nombramiento de Profesor Titular de Historia Medieval.
ha sido Director de numerosos proyectos de investigación arqueológica que tienen como objetivo el análisis de las fortificaciones medievales del Alto Guadalquivir (Sabiote, Jaén, Torreperogil, Lopera, Alcaudete, Giribaile, La Guardia, Fortalezas de la Sierra de Segura, el Condado etc.), cuyos resultados le han llevado a formar parte de varios equipos interdisciplinares que coordinan las labores de restauración y puesta en valor de estas fortalezas, y a convertirse en uno de los Asesores Científicos de la Ruta de los Castillos y las Batallas promovida por la Excma. Diputación Provincial de Jaén. Junto a ello, es de destacar su labor como Director de varios proyectos encaminados al estudio del poblamiento medieval del Alto Guadalquivir.
Es Miembro del Grupo de Investigación del Patrimonio Arqueológico de Jaén y del Instituto Universitario de Investigación en Arqueología Ibérica. Finalmente cabe señalar su papel como revisor de multitud de revistas especializadas y como miembro del Consejo Editorial de la revista Arqueología y Territorio Medieval y Documentos de Arqueología Medieval. Asimismo pertenece a varias sociedades Culturales y Científicas, siendo miembro de la Asociación Española de Arqueología Medieval, de la Sociedad de Estudios Medievales, de la Real Asociación Española de Cronistas y de la Asociación Nacional de Amigos de los Castillos.
En su amplia trayectoria ha publicado multitud de trabajos sobre investigaciones en la provincia de Jaén, además de organizar diferentes eventos (jornadas, conferencias, etc...) y ser un destacado profesor de la Universidad de nuestra provincia. En actualidad además es el Vicepresidente de la Asociación Provincial de Cronistas Oficiales “Reino de Jaén”.
Por estos motivos y muchos más, se ha decidido otorgar el Premio Argentaria 2018 de Historia Medieval de Jaén a D. Juan Carlos Castillo Armenteros.