A la entrada del museo nos encontraremos con los esqueletos de varios mamíferos de grandes dimensiones, entre los que destacan un cachalotemacho joven de 9 metroslocalizado en 1894 y el de un rorcual comúnhembra de más de24 metros conservado desde que 1898 fuera encontrado a la deriva a tres millas al norte de Cabo Mayor.
En la planta inferior del museo, en la sección de Biología Marina se encuentra un circuito de Acuarios varios, repartidos en torno a un gran tanque central de agua de más de 700.000 litros de capacidad. Allí los más pequeños podrán observar ejemplares de más de 250 especies entre las que destacan los tiburones, peces luna, meros, atunes o pulpos, propios del mar Cantábrico.
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