Ya deberías estar usando Synaptic con soporte GTK3

Si usas Ubuntu 12.04 o posteriores, deberías usar Synaptic con soporte para GTK3. No lo dudes. Mucho más rápido, mucho más limpio y mucho más integrado. Mejorará tu vida.

Abre ahora mismo un terminal y escribe:

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/unstable

sudo apt-get update

sudo apt-get install synaptic

Me lo agradecerás.